Terbetuknya keanekaragaman hayati yang seperti saat ini memang melalui proses yang cukup panjang. Dengan kemampuan dan pengetahuan yang dimiliki, nenek moyang kita telah melakukan usaha dan telah berhasil membudidayakan berbagai macam tumbuhan dan hewan untuk kepentingan hidupnya. Dalam kurun waktu yang relative cepat, para ahli juga telah mencatat terjadinya penurunan populasi beberapa jenis tumbuhan dan hewan, bahkan telah bayak juga yang mengalami kepunahan. Dan jumlah populasi yang sedikit menyebabkan tidak efektifnya jenis organisme tersebut karena terjadinya ketidak stabilan dan banyak mengalami inbreed (perkawinan antarindividu yang dekat kekerabatannya) yang mengakibatkan variasi genetic semakin rendah. Dan hal ini akan sangat berdampak pada rendahnya kemampuan adaptasi jenis tersebut terhadap perubahan kondisi lingkungan. Dan kegagalan adapatasi akan mengakibatkan kemampuan diri suatu spesies.
Pada dasarnya, kelompok factor yang dapat mengganggu dan menjadi ancaman bagi keanekaragaman hayati adalah factor alam dan factor aktifitas manusia. Contohnya yang paling jelas adalah dari factor alam dan factor manusia. Dan contoh yang paling jelas dari factor alam ialah bencana letusan gunung, seperti saat gunung krakatu meletus pada tahun 1883. Letusan gunung Krakatau pun telah memusnahkan seluruh jrnis tumbuhan dan hewan disekitar gunung tersebut. Namun saat ini diwilayah pulau Krakatau telah ditumbuhai sekitar 200 spesies tumbuhan baru. Apabila dinadingkan dengan kepulauan lain yang ada di dekatnya, tingkat keanekaragaman hayati pulau Krakatau masih rendah. Berbeda dengan pulau sekitar gunung Krakatau yang memiliki kekayaan hingga mencapai 2.000 spesies.
Hasil penghitungan kemunculan spesies baru selama 50 tahun telah menunjukan bahwa hanya sekitar 1 jenis tanaman baru muncul setiap 2 tahun sekali. Jadi, dapat kita bayangkan beberapa ribu tahun lagi waktu yang diperlukan agar Pulau Krakatau memeiliki keanekaragaman hayati yang mirip seperti pulau lainnya yang berada di sekitar Pulau Krakatau.
Factor lainnya ialah aktivitas manusia. Telah dutarakan pada sebelumnya bahwa manusia berusaha memanfaatkan segala sumber daya alam bagi kelangsungan dan kesejahteraan hidupnya. Namun dalam melakukan aktivitas manusia kadang kurang bahkan tidak sama sekali bijaksana. Nilai-nilai ekonomi yang berhubungan dengan pelestarian dari keanekaragaman hayati telah tertutup oleh iming-iming keuntungan yang besar yang dulakukan tanpa mempertimbangkan kelangsungan ekosistem yang telah ada. rusaknya keseimbangan ekosistem dan hilangnya habitat alam berbabagi bentuk kepunahan satwa atau menurunya keanekaragaman hayati di suatu wilayah. Dan aktivitas yang dapat mengancam keberadaan dan kelestarian hayati antara lain adalah sebagai berikut.
Macam-Macam Aktivitas Yang Dapat Mengancam Keberadaan Dan Kelestarian Hayati :
- Perubahan fungsi lahan pertanian atau hutan menjadi pemukiman manusia.
- Perubahan fungsi hutan bakau yang dijadikan menjadi area pertanian atau tambak ikan atau udang.
- Usaha pertambangan.
- Pembukaan hutan dan penebangan hutan dalam rangka kegiatan HPH (Hak Pengusahaan Hutan) ataupun HTI (Hutan Tanam Industri).
- Perburuan liar terutama pada satwa langka seperti badak yang diburu untuk diambil culanya atau burung jalak balai yang sekedar dipelihara sebagai hewan peliharaan. Perburuan besar-besaran yang hanya mengandalkan populasi alamiah juga dapat mengancam kelestarian satwa tersebtu. Misalnya, gajah untuk diambil Gadingnya, buaya yang diambil kulitnya, dan penyu yang diambil dagingnya atau telurnya.
- Penangkapan ikan dengan menggunakan bahan peledak atau racun yang akan menyebabkan kerusakan pada ekosistem terumbu karang. Dan kerusakan ini akan sangat berdampak buruk pada populasi dan jenis-jenis ikan yang ada.
- Polusi, pada umumnya disebabkan oleh aktivitas industry yang sering membuang limbah cairnya ke badan-badan sungai yang kemudian akan mengalir kemuara dan akhirnya mencemari lautan. Pencemaran kimiawi ini bersifat toksik dan mengganggu kelestarian jenis-jenis tumbuhan atau hewan air yang ada disekitarnya.